内部审计发现的问题，审计部门会根据问题的性质和严重程度，提出整改建议或处理意见。对于一般性问题，要求被审计单位限期整改；对于违法违规问题，会依法移送有关主管部门处理；对于涉及重大责任追究的问题，会按照相关规定追究相关人员的责任。同时，审计结果也会作为政府部门绩效考核、领导干部任用等方面的重要参考依据。